La Cour des comptes a publié son rapport annuel sur l'application des lois de financement de la Sécurité Sociale à la mi-septembre, en prélude à l'examen par le parlement du Projet de Loi de Financement de la Sécurité Sociale pour 2010.
Le rapport analyse dans une première partie les comptes sociaux et rend compte du suivi des dépenses retracées dans l'Objectif National de Dépenses d'Assurance Maladie (ONDAM). En 2008, l'ONDAM avait été fixé à 152 milliards d'euros (+2,8% par rapport à une base de 147,9 milliards d'euros) et a connu un dépassement de 0,9 milliard d'euros, concentré sur les soins de ville.
Dans une deuxième partie, la Cour des comptes a analysé chacun des volets du plan « Hôpital 2007 » : l'organisation et la gouvernance, la réforme du financement avec la mise en oeuvre de la tarification à l'activité et la relance de l'investissement immobilier. La Cour estime que ces réformes ambitieuses ont débouché sur des résultats encore décevants ; le pilotage et les conditions de mise en oeuvre de ces réformes devant encore être améliorés. Elle considère qu'il est possible de réaliser des progrès substantiels dans chaque hôpital, et à l'intérieur même des hôpitaux, en s'appuyant mieux sur les pôles, dotés d'outils et de compétences adaptés.
Les travaux effectués par la Cour sur la gestion des risques sociaux, présentés en troisième partie, portent cette année, pour la branche maladie, sur les centres d'examen de santé et sur le contrôle médical du Régime Général. La Cour s'interroge sur l'utilité des centres d'examen de santé, inadaptés aux besoins actuels. Quant au contrôle médical, elle considère qu'il est aujourd'hui trop marqué par la prédominance de contrôles systématiques a priori peu efficaces et recommande une rénovation de ses missions et de ses méthodes.

